Explorer le génome des plantes à la vitesse du clic !

L’outil Savanache développé dans le cadre de l’appel à projets Séléopro propose une nouvelle manière d’appréhender la diversité génétique des plantes. Le terrain d’exploration est le pangénome. Celui-ci désigne l’ensemble des gènes présents dans une espèce. Il regroupe à la fois les gènes communs à tous les individus (génome cœur) et les gènes variables (génome accessoire). Ces derniers sont présents ou absents selon les individus, variétés, lignées ou souches. Cette notion de pangénome s’impose de plus en plus en sélection variétale avec le progrès du séquençage.

Rendre accessible l’exploration des gènes

Ainsi, Savanache réussit le pari de rendre accessible cette cartographie. Des biologistes peu familiers de la génomique peuvent même prendre l’outil en main en quelques minutes. Par conséquent, ce changement de rythme transforme l’usage des pangénomes. Jusqu’ici cantonnés à l’exploration de régions très ciblées, les pangénomes deviennent un outil opérationnel, capable de révéler des gènes rares, issus de variétés sauvages ou ancestrales. Une telle représentation de la diversité génétique permet d’intégrer plus efficacement des traits dans les schémas de sélection.  « Le tout s’effectue sans navigation lourde, ni surcharge d’informations », souligne François Sabot, coordinateur du numérique et de l’intelligence artificielle à l’Institut de la recherche pour le développement (IRD).

Anticiper rapidement les croisements de variétés pertinents

Concrètement, dans l’outil Savanache, l’utilisateur choisit un individu de référence. Ensuite, à partir de ce repère, la diversité d’un pangénome se matérialise sur l’écran. Tous les autres individus s’alignent alors autour de ce pivot. En un clic, ce point de référence peut changer. Les comparaisons deviennent immédiates. Les différences structurelles apparaissent clairement y compris au sein des « nœuds de génome ». « Cette rapidité repose sur l’outil d’indexation spécifique, Gradex, développé en interne, explique François Sabot. Il permet de retrouver une information située à 50 Mb de distance en moins de 0,5 seconde. » La récupération des données est même plus rapide que leur affichage ! Des graphes jusqu’à 69 individus se matérialise sur l’écran, sans perte de la fluidité dans la lecture. Puis, lorsqu’un sélectionneur identifie un locus d’intérêt, l’outil permet d’en observer la structure chez plusieurs individus. Ainsi, l’utilisateur analyse l’environnement génomique de l’individu afin d’anticiper les croisements les plus pertinents.

La force de Savanache tient bien dans cette réactivité. Même si les données sont denses, l’interface reste lisible et l’information circule vite. Par ailleurs, l’accès à l’outil est gratuit pour les partenaires du projet Séléopro. Le projet s’est finalisé au printemps 2026 et cible la sélection variétale en grandes cultures dont celle sur le colza et le tournesol.